三重県内でも真珠養殖の最盛地の一つとされる志摩市の英虞湾で７月中旬、アコヤガイの大量死が発覚した。稚貝を中心に被害は広がり、関連業界に大きな衝撃を与えた。
県水産研究所によると、貝に真珠の核を入れる「挿核」の作業をしていた複数の養殖業者から７月中旬、貝ひもに当たる「外套膜」（がいとうまく）と呼ばれる組織が縮小していると連絡があった。これを受けて、志摩市や南伊勢町内の養殖業者に簡易的なアンケートを実施したところ、回答のあった約８割からへい死の被害報告が寄せられた。
県水産研究所と県真珠養殖連絡協議会が８月中―下旬にかけて実施した２回目のアンケート調査では、県内252の養殖業者の48％に当たる122業者から回答があった。
この結果、３年貝全体の25％に当たる12万２千個で外套膜が萎縮し、うち11万５千個がへい死。来季の核入れに備えた２年貝も27％に当たる34万４千個に萎縮があり、30万個がへい死した。死亡率は３年貝が24％、２年貝が23％と平年の数字を上回った。稚貝については貝が小さいために萎縮の有無は確認できなかったが、全体の約７割に当たる167万７千個のへい死が確認された。
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県は11月、国立研究開発法人水産研究・教育機関増養殖研究所や三重大学に依頼し、同時並行で進めてきた感染症などの調査結果を公表。病理組織の検査では現時点でウイルス感染を疑う状態の細胞や特徴的な病原菌は確認できず、感染試験や遺伝子検査、網羅的核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）検査でも特筆すべき異常は確認されなかったとした。
一方、アンケートや飼育状況の影響解析などを基に原因を調査した結果として、「冬季の海水温が高く、エサが少なかったという環境が、貝の栄養蓄積レベルの低下に作用し、その後の萎縮症状やへい死の発生に影響したと考えられる」とする一つの結論を示した。
県によると、30年12月から今年３月までの湾内の平均海水温は15・8度で、過去15年の平均値（13・3度）と比べて最も高かった一方、今年４―６月までの貝のエサとなる植物プランクトンの量を示すクロロフィル量は、過去15年の平均値の中で３番目に低かったという。
通常、核入れ前のアコヤガイは、活動を抑えるために密閉性の高いかごに入れて飼育する「抑制」と呼ばれる過程がある。本来、極端な寒さを避けるために避寒地域の漁場で抑制が行われるが、海水温の上昇で貝が活発化し、必要以上に飢餓状態となったことが萎縮やへい死につながった可能性が高いとみられる。
海水温上昇の原因については、黒潮大蛇行による三重県沿岸への黒潮系暖水の流入が指摘されている。
大蛇行は少なくとも来春まで継続するとみられており、県は漁場環境に応じて避寒時期や期間を調整するなどの適切な養殖管理が重要として、英虞湾内に「ＩＣＴブイ」を試験的に設置。水温や塩分濃度を計測し、１時間ごとに県真珠養殖連絡協議会ホームページ上に掲載するほか、データを活用した適正養殖管理マニュアルを作成して養殖業者への周知を図るとしている。
県水産資源・経営課水産増殖班の青木秀夫班長は「これまでに事例のない問題。調査では過去最も高い水温が計測されたが、今後もより高くなることが考えられ、そうした環境で適正な飼育方法を探る必要がある。改善策のベースとして提供する情報を活用していただき、適正な養殖を進めてもらえたら」と話していた。